Botanickou zahradu založil v roce 1922 profesor Josef Podpěra jako nedílnou součást botanického ústavu Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity. Ta byla zřízena v roce 1919 v areálu původního Zaopatřovacího ústavu císaře Františka Josefa I. neboli chorobince postaveného podle projektu architekta Josefa Beníška v roce 1893. Umístění fakulty i zahrady bylo považováno za provizorium, než bude vybudován nový univerzitní kampus s botanickou zahradou na jiném vybraném místě v Brně. To se dosud nestalo, a tak botanická zahrada může oslavit svých sto let na stejném místě.
Podoba zahrady se časem měnila, ale od počátku byla rozčleněna na plochy se sbírkami rostlin podle jejich geografického původu se skalkami a jezírky, která jsou k vidění dodnes. První skleníky byly budovány svépomocně hned po založení zahrady v místech dnešního jezírka se sochou žáby. Většímu rozvoji zahrady bránil nedostatek místa a zároveň snahy o její přestěhování.
Za druhé světové války byly vykáceny stromy, část sbírek byla zrušena a na jejich místě byla pěstována zelenina pro prodej na Zelném trhu. Po válce byly zničené skleníky opraveny a v dalších letech dostavěny další. Skleníky nebyly expoziční a nebylo možné je otevřít návštěvníkům. Vyžadovaly neustálé opravy, zasklívání a v zimě utěsňování balíky slámy. Zahrada měla i svého topiče, který i v noci chodil přikládat. Díky této péči v nich postupně vznikly rozsáhlé sbírky tropických a subtropických rostlin.
V letech 1995 až 1997 byly staré skleníky zbourány a postaveny nové podle projektu architekta Petra Talandy. Zároveň byl před skleníky vybudován parter se sochami a fontánami od uměleckého sochaře Jana Šimka a předělány i záhony systému rostlin.
Zahrada i skleníky jsou denně přístupné veřejnosti. Ve sklenících na objednání provádíme exkurze s odborným výkladem. Ročně se zde koná několik výstav a skleníky navštíví více než 13 tisíc platících návštěvníků. Zahrada se za uplynulých sto let stala nedílnou součástí života města Brna.