Project information
Comparision and evaluation of microbiological numeric identification methods

Cílem předkládaného projektu je srovnat a vyhodnotit identifikační metody, používané v bakteriální taxonomii. Předpokládáme srovnání následujících metod : identifikační skóre (Wilcox, Lapage), modální podíl pravděpodobnosti (Dybowski a Franklin), T-index (Boeufgrass et al), relativní pravděpodobnost (Friedmann a MacLowry), taxonomická vzdálenost (Gyllenberg), metoda poloměru taxonu (Sneath), metoda limitu absolutní pravděpodobnosti (Gyllenberg a Niemela). Pro srovnání uvedených metod budou použity frekvenční identifikační matice, vytvořené Českou sbírkou mikroorganismů pro potřeby rutinních identifikací enterobaktérií, nefermentujících baktérií, stafylokoků a mikrokoků, enterokoků a streptokoků, anaerobních baktérií a vibrií. Nebudou tedy použity datové matice údajů jednotlivých kmenů. Pro práci předpokládáme použití třech typů testovaných dat : (1) Tzv. "ideální zástupce" jednotlivých taxonů, získané jednoduchou extrakcí z identifikačních matic, (2) sbírkové kmeny s ověřenou identitou.