prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2011

• NMR cross-­correlated relaxation rates reveal ion coordination sites in DNA

  FIALA Radovan ŠPAČKOVÁ Naděžda FOLDYNOVÁ-TRANTÍRKOVÁ Silvie ŠPONER Jiří SKLENÁŘ Vladimír TRANTÍREK Lukáš

  Článek v odborném periodiku

  Journal of the American Chemical Society, rok: 2011, ročník: 133, vydání: 35, DOI

• Noncanonical Hydrogen Bonding in Nucleic Acids. Benchmark Evaluation of Key Base-Phosphate Interactions in Folded RNA Molecules Using Quantum-Chemical Calculations and Molecular Dynamics Simulations

  ZGARBOVA Marie JUREČKA Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal ŠPONEROVÁ Judit LEONTIS Neocles B. ZIRBEL Craig L. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A, rok: 2011, ročník: 115, vydání: 41, DOI

• QM/MM Studies of Hairpin Ribozyme Self-Cleavage Suggest the Feasibility of Multiple Competing Reaction Mechanisms

  MLÝNSKÝ Vojtěch BANÁŠ Pavel WALTER Nils G. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2011, ročník: 115, vydání: 47, DOI

2010

• An RNA Molecular Switch: Intrinsic Flexibility of 23S rRNA Helices 40 and 68 5 '-UAA/5 '-GAN Internal Loops Studied by Molecular Dynamics Methods

  RÉBLOVÁ Kamila STŘELCOVÁ Zora KULHÁNEK Petr BEŠŠEOVÁ Ivana MATHEWS David H. VAN NOSTRAND Keith YILDIRIM Ilyas TURNER Douglas H. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2010, ročník: 2010, vydání: 6

• Conformational Energies of DNA Sugar Phosphate Backbone: Reference QM Calculations and a Comparison with Density Functional Theory and Molecular Mechanics

  MLÁDEK Arnošt ŠPONEROVÁ Judit JUREČKA Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal SVOZIL Daniel ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2010, ročník: 6/2010, vydání: 12

• Dynamics of the base of ribosomal A-site finger revealed by molecular dynamics simulations and Cryo-EM.

  RÉBLOVÁ Kamila RÁZGA Filip LI Wen GAO Haixiao FRANK Joachim ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2010, ročník: 38, vydání: 4

• Molecular dynamics simulations suggest that RNA three-way junctions can act as flexible RNA structural elements in the ribosome

  BEŠŠEOVÁ Ivana REBLOVA Kamila NEOCLES Leontis SPONER Jiri

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2010, ročník: 38, vydání: 18

• On the Role of the cis Hoogsteen:Sugar-Edge Family of Base Pairs in Platforms and Triplets: Quantum Chemical Insights into RNA Structural Biology

  SHARMA Purshotam SPONER Judit ŠPONER Jiří SHARMA Sitansh BHATTACHARYYA Dhananjay MITRA Abhijit

  Článek v odborném periodiku

  Jouranl of Physical Chemistry B, rok: 2010, ročník: 114, vydání: -

• Reference MP2/CBS and CCSD(T) quantum-chemical calculations on stacked adenine dimers. Comparison with DFT-D, MP2.5, SCS(MI)-MP2, M06-2X, CBS(SCS-D) and force field descriptions.

  MORGADO Claudio JUREČKA Petr SVOZIL Daniel HOBZA pavel ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2010, ročník: 14, vydání: -

• Structural Dynamics of the Box C/D RNA Kink-Turn and Its Complex with Proteins: The Role of the A-Minor 0 Interaction, Long-Residency Water Bridges, and Structural Ion-Binding Sites Revealed by Molecular Simulations

  ŠPAČKOVÁ Naděžda RÉBLOVÁ Kamila SPONER Jiri

  Článek v odborném periodiku

  Jouranl of Physical Chemistry B, rok: 2010, ročník: 114, vydání: 32