prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2015

• Microsecond-Scale MD Simulations of HIV-1 DIS Kissing-Loop Complexes Predict Bulged-In Conformation of the Bulged Bases and Reveal Interesting Differences between Available Variants of the AMBER RNA Force Fields

  HAVRILA Marek ZGARBOVÁ Marie JUREČKA Petr BANÁŠ Pavel KREPL Miroslav OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2015, ročník: 119, vydání: 49, DOI

• Molecular dynamic simulations of protein/RNA complexes: CRISPR/Csy4 endoribonuclease

  ESTARELLAS MARTIN Carolina OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav BANÁŠ Pavel KREPL Miroslav ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS, rok: 2015, ročník: 1850, vydání: 5, DOI

• Quantum Chemical Benchmark Study on 46 RNA Backbone Families Using a Dinucleotide Unit

  KRUSE Holger MLÁDEK Arnošt GKIONIS Konstantinos HANSEN Andreas GRIMME Sstefan ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 10, DOI

• RADIKÁLOVÁ SYNTÉZA NUKLEOVÝCH BÁZÍ Z FORMAMIDU V IMPAKTNÍM PLAZMATU

  FERUS Martin KNÍŽEK Antonín ŠPONER Jiří ŠPONEROVÁ Judit CIVIŠ Svatopluk

  Článek v odborném periodiku

  CHEMICKÉ LISTY, rok: 2015, ročník: 109, vydání: 6

• Reactive Conformation of the Active Site in the Hairpin Ribozyme Achieved by Molecular Dynamics Simulations with epsilon/zeta Force Field Reparametrizations

  MLÝNSKÝ Vojtěch KÜHROVÁ Petra ZGARBOVÁ Marie JUREČKA Petr WALTER Nils G. OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří BANÁŠ Pavel

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2015, ročník: 119, vydání: 11, DOI

• Refinement of the Sugar-Phosphate Backbone Torsion Beta for AMBER Force Fields Improves the Description of Z- and B-DNA

  ZGARBOVÁ M. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal CHEATHAM T.E. GALINDO-MURILLO R. JUREČKA P.

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 12, DOI

• Stacked and H-Bonded Cytosine Dimers. Analysis of the Intermolecular Interaction Energies by Parallel Quantum Chemistry and Polarizable Molecular Mechanics.

  GRESH Nohad ŠPONEROVÁ Judit DEVEREUX Mike GKIONIS Konstantinos COURCY DE Benoit PIQUEMAL Jean-Philip ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2015, ročník: 119, vydání: 30, DOI

• Tetraloop-like Geometries Could Form the Basis of the Catalytic Activity of the Most Ancient Ribooligonucleotides

  STADLBAUER Petr ŠPONER Jiří COSTANZO Giovanna DI MAURO Ernesto PINO Samanta ŠPONEROVÁ Judit

  Článek v odborném periodiku

  Chemistry - A European Journal, rok: 2015, ročník: 21, vydání: 9, DOI

• The role of an active site Mg2+ in HDV ribozyme self-cleavage: Insights from QM/MM calculations

  MLÝNSKÝ Vojtěch WALTER Nils G. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2015, ročník: 17, vydání: 1, DOI

• Towards biochemically relevant QM computations on nucleic acids: controlled electronic structure geometry optimization of nucleic acid structural motifs using penalty restraint functions

  KRUSE Holger ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2015, ročník: 17, vydání: 2, DOI